Il n'y pas de différence de comportement entre mâle et femelle. Les différences s'observent plutôt d'un individu à un autre. Un chinchilla ne doit pas vous mordre ni être agressif, mais certains sont plus actifs que d'autres. Ces différences de comportements ne sont pas liés au sexe de l'animal.
Cependant, une femelle qui reproduit sera plus tournée vers ses jeunes, et aura tendance à vous ignorer davantage pendant la période de lactation.
Seule la femelle est capable de vous envoyer un jet d'urine lorsqu'elle est fâchée (comportement qui reste somme toute assez peu fréquent)
Les plus belles femelles sont généralement gardées pour l'élevage, aussi vous propose-t-on plus facilement un petit mâle en vous affirmant qu'ils sont plus sociables, ce qui est faux.